alapítva: 1055, akv.: 1685-től

Az apátságot I. András király (1046-1060) 1055-ben alapította Szent Ányos és Szűz Mária tiszteletére. Az 1720-as években kezdődött el az újjáépítés során nyerte el mai formáját az épületegyüttes.

Az alapító királyt itt temették el 1060-ban. A kolostor alapító oklevele a legrégebbi, eredeti formájában fennmaradt magyarországi oklevél.
A latin nyelvű szövegben magyar szavakat, kifejezéseket is használtak, így ez a legrégebbi magyar írásos nyelvemlék. Az eredeti dokumentumot Pannonhalmán őrzik.

A középkori kolostorról csak a XVI-XVII. századi ábrázolások maradtak fenn, ezek mellett csak néhány kőfaragvány és a XI. századi altemplom őrzi az egykori épületegyüttes emlékét.

A törökdúlás idején Tihanyban is megszűnt a szerzetesi élet, a kolostorba katonákat költöztettek, és védelmi szempontok alapján alakították át az épületegyüttest. A török háborúk után a királyi kamara a felszabadított területeken álló birtokokat csak ún. fegyverváltság kifizetése után adta vissza egykori tulajdonosaiknak. A Magyarországi Bencés Rend ezt nem tudta kifizetni, így 1702-ben az ausztriai Altenburg Bencés Apátság tulajdonába került az itteni apátság. A Pannonhalmi Bencés Apátság csak 1716-ban tudta visszavásárolni Altenburgtól.
Az 1720-as években kezdődött el az újjáépítés, melynek során elnyerte mai formáját az épületegyüttes. A templomot 1754-ben szentelték fel ideiglenesen, majd 20 év múlva véglegesen.
1786-ban II. József a bencés rendet is felosztotta. A szerzeteseknek el kellett hagyniuk a kolostorukat, csak egyetlen szerzetes maradhatott itt, aki ellátta a plébániai feladatokat. A rend tagjai 1802-ben térhettek vissza Tihanyba. Az 1880-as évekre az épületegyüttes nagyon rossz állapotba került, és felvetődött az is, hogy a templomot teljes egészében újjá kellene építeni. Czeigler Győző építész, a Műegyetem tanára 1889-1890 között megoldotta a templom és kolostor szerkezeti problémáit, és az épületegyüttest teljesen felújította.

A II. világháború után, 1950-ben a szerzeteseknek ismét el kellett hagyniuk a rendházat, először szegényház, később múzeum költözött ide. Csak 1990-ben térhetettek vissza a bencések Tihanyba, de a kolostoregyüttest csak 1994-ben kapták vissza az államtól. 1992-ben elindult és 1996-ra be is fejeződött a templom belső restaurálása, majd megkezdődött a kolostor teljes felújítása.