A Pannonhalmi Főapátság a UNESCO Világörökség Bizottságának döntése nyomán 1996 decembere óta a világ kulturális örökségének része. Román, illetve gótikus eredetű maradványok felhasználásával épült fel a barokk épületegyüttes.

Az első bencés szerzetesek Géza fejedelem hívására 996-ban érkeztek magyar földre. Hamarosan lerakták alapjait kis missziós kápolnájuknak, miután megépítették földbe vájt, agyagba rakott vízmosta kövekből falazott, egyszerű szerzetesi celláikat. Az építkezés befejezését Géza már nem érte meg, a kis templomot István király idején, 1001-ben szentelték fel. A kolostor a XII. század elején leégett, majd 1137-ben helyreállították, kibővítették. A központi udvar (kerengő) körül szerveződő, szabályos kolostorépület a XIII. század első évtizedeiben keletkezett. Kiépítettségére következtethetünk abból, hogy 1241-ben az országot letaroló tatár hordák megtorpantak a kolostor falai előtt. 1594-1606 között a végvárrá lett kolostor hol a magyarok, hol a törökök kezén volt. A török végleges kiűzése után megindulhatott a kolostor épületeinek rendbehozása. Különösen sokat fáradozott e téren Karner Egyed főapát, aki rendje fennállásának 700 éves jubileumára (1701-re) igyekezett eltüntetni a 150 éves török uralom pusztításának nyomait.

Sajghó Benedek főapát 1722-1768 között a győri karmelita templom építőjével, Witwer Márton Atanáz karmelita testvérrel felépíttette a ma is fennálló barokk épületeket. II. József, a kalapos király rendelete 1786-ban a többi szerzetesrenddel együtt a pannonhalmi Szent Benedek rendet is eltörölte. 1802-ben aztán a szétszórt bencések újra elfoglalhatták elhagyott kolostorukat. Az 1823-ban kezdődő építkezésekkel a hatalmas könyvtárépületnek és a templom klasszicista tornyának megalkotásával kialakult a kolostor mai formája.

2012-re teljesen felújították és újraszentelték.

A bencés közösség 2024-ben ünnepli a pannonhalmi bazilika felszentelésének 800. évfordulóját.