A XIII. századi eredetű, de a XV. század végén épült ki gótikus formában. Ifj. Storno Ferenc tervei alapján 1890-ben gyökeresen restaurálták.

A johannita lovagoknak II. Endre király ajándékozta Sopronban a Bécsi-kapu vámjogát, de a rend valószínüleg csak 1247-ben telepedett le a városban. Ekkor építették fel templomukat és a hiteles helyként is működő rendházukat. Ez utóbbit a XX. század elején lebontották.

A johannita rend a XV. századra elvesztette jelentőségét, a templom is tönkrement. A templomot 1454-ben a polgárok hozták rendbe. A XVI. század eleji átépítéskor készült a ma is meglévő boltozat, és ebből az időből származnak az orgonakarzat festményei.

A XVII. században a templomot a jezsuiták kapták meg, a rend feloszlatása után (II. József) az épületet elárverezték.

Meskó Jakab vásárolta meg és a soproni káptalannak adományozta.

A XIX. század végén (1890) ifj. Storno Ferenc restaurálta, és gyökeresen átformálta a templomot. Ekkor készült a hegyes sisakú homlokzati torony, a belső freskódíszítés és a neogótikus berendezés.