Az első templom román stílusban épült és gótikusan bővítették, a sziget délkeleti részén. Ennek a kis árpád-kori templomnak a helye a Kupavezér utcai fácánosi erdővárban volt, körülötte temetővel. A török elpusztította ezt a templomot. Az 1700-as évek elején a lengyeltóti római katolikus plébániához tartozott Fonyód. 1788-ban az Orda-Csehi plébániához csatolták 1799-ig, akkor visszakerült lengyeltótihoz, majd 1854 és 1909 között Szőlősgyörökhöz tartozott, 1909-től ismét Lengyeltóti filiája. Templom nem volt, az iskolában volt minden hónapban egyszer szentmise.
Éveken át Fonyódon nyaralt dr. Major Ferenc székesfehérvári orvos, országgyűlési képviselő, akinek birtoka volt a Bélateleptől keletre eső rész. Dr. Major Ferenc egyszer súlyos beteg lett. Nem sok remény volt a felgyógyulására. Ekkor a Szűzanyához, a betegek gyógyítójához fordult segítségért. Imája meghallgatásra talált és meggyógyult. Hálából kápolnát építtetett a Szűzanya tiszteletére. A román stílusú kápolnát Gyalus László terve szerint építették. Stílszerű román faragványok és Dürer mázolatok díszítették. A kápolnához kálváriát is építettek a közeli dombon. 1902 augusztus 31-én gf. Széchenyi Miklós győri megyéspüspök szentelte fel a kápolnát. A falak és a boltozat nem bírták a torony súlyát, ezért a boltozat beomlott. Újjá építették, de most már faragott kövek helyett téglából. Torony helyett ún. huszár tornyocskát emeltek. A "Jutasi dombon" álló haranglábból a harangot áthozták a templom elé 1902-ben, és egy fából készült haranglábban helyezték el.
A fürdőtelep fejlődése, a nyári vendégek és az állandó lakosság gyarapodása szükségessé tette a kápolna bővítését. Amikor Ify Lajos pécsi egyházmegyés káplán nyári szabadságát szüleinél Keszthelyen töltötte vasárnaponként átjött misézni a fonyódi kápolnába. Itt találkozott a hívek igényével, mely szerint helyben lévő papot szerettek volna. Zichy Béla földesúrtól a falu küldöttsége, és Ify Lajos káplán földet kértek, mely eredményeként 100 magyar holdat kaptak. A kegyúri jogot pedig a földesúr átengedte a veszprémi püspökségnek.
1920-ban elkezdődött a kápolna átépítése plébánia templommá Ify Lajos elgondolásai alapján. 1921-ben állt a templom. Augusztus 15-én dr. Rott Nándor veszprémi megyéspüspök szentelte fel a templomot. Ify Lajos adminisztrátori minőségben a Vámosi féle villában lakott. Dr. Ripka Ferenc gázgyári vezérigazgató kieszközölt Budapesttől adományt, és később segélyt. 1922-ben elkészült a plébánia épülete. A villanyt 1931-ben vezették be. Ify Lajos lett az első plébános.
1926-ban Balatonmária keleti része különvált, és Balatonfenyves néven Fonyódhoz kapcsolódott. 1932-ben templomépítés indult Balatonfenyvesen, s külön egyházközséget alakítottak Szt. Erzsébet néven. 1934-ben kápolna építését tervezték Sándortelepen. Dióshegyi Ernő tervei alapján 1936-ban elkészült a kápolna amelyet Szt. István oltalmába ajánlottak. Ezt a kápolnát 1992-ben bővítették. Ugyancsak 1936-ban Fonyódligeten is megépítették a kápolna szentélyét, amelyet 1937. július 4-én szentelt fel Ify Lajos plébános. 1993-ban a kápolnát kibővítették. 1939-ben Bélatelepen megépült a Szt. Anna kápolna.
1937-ben a korhadt harangláb helyett olasz stílusban campanielt építettek a harangok részére. Az új harangláb alatt megépítették a hősök oltárát. A kis lélekharanghoz a régit olvasztották be, a nagy harangot a hívek adományából vette az egyházközség. Egy harmadik harang is volt a Miasszonyunkról nevezett Szegény Iskolanővérek adományaként, de ezt a II. világháború alatt elvitték hadi célokra. Ugyancsak 1937-ben megnagyobbították a templom oldalait egy-egy helyiséggel.
1949-ben nyugdíjazták Ify Lajos plébánost, utóda dr. Varga Péter Pál lett. Káplánként Milhoffer Miklóst helyezték mellé. 1952-ben az Állami Egyházügyi Hivatal Abaligeti Kázmért nevezte ki plébánosnak, dr. Varga Péter Szabásra került. Milhoffer Miklóst 1953-ban helyezték el. 1965-67- ben Kocsis káplán, majd 1972-74 között Léber Mihály káplán segítkezett a plébánosnak. Később pár hónapig Bartos Ágoston káplánkodott, majd Bakonyi József segédlelkész látta el a káplán feladatait. 1976-ban Abaligeti Kázmér meghalt, Bakonyit pedig Nagykanizsára helyezték. 1976. december 13-án az Egyházmegyei hatóság Fehér Ernőt helyezte Fonyódra plébánosnak. Az új plébános a plébániatemplomot, illetve a plébánia épületet átalakítatta és rendbehozatta, a sándortelepi és a fonyódligeti kápolnákat pedig többszörösére bővíttette.
1994-ben vezették be a templomba és a plébániára a gázt. 2004. februárjától Fehér Ernőt nyugdíjazták, helyére Neumajer Zoltán került plébánosnak