Az 1996-ra tervezett Világkiállítás lemondása után az Esztergom Budapesti Főegyházmegye úgy döntött, hogy felépíti azt az épületet, amely az Expo idején vatikáni pavilonként működik, és csak a későbbiekben kapott volna templomi funkciót. A telket a Magyar Állam képviseletében a Világkiállítás Programiroda adta ingyenes használatba. Paskai László bíboros, prímás, érsek 1995. május 29-én helyezte el a templom alapkövét és 1996. augusztus 17-én ünnepélyesen felszentelte.
A templom és a plébánia épületegyüttese Török Ferenc Ybl- és  Kossuth-díjas, valamint Balázs Mihály Ybl-díjas  tervezők  tervei alapján készült el. Az  anyagi fedezetet a Főegyházmegye biztosította, amelyet a Vatikán jelképes adományán túl külföldi és hazai adakozók is támogatták.
A templom a Felsőlágymányosi hívek plébániatemploma lett, de helyzeténél fogva az egyetemi ifjúság lelki központja is kíván lenni. A Millecentenárium alkalmából méltó emléket akart állítani az ország szentéletű és boldog emlékű nagyjainak.
A kegyelet és az imádság helye ez az épület, mely példaként állítja elénk szentéletű magyarjainkat, akikhez buzgón szállhat fel az imádság és az ének, reményt és hitet adva a jelen és a jövő nemzedékének.
2001. január 1-jével Paskai László bíboros, prímás, érsek a templomot plébániatemplom rangra emelte, és a plébánia nevét Magyar Szentek Plébániára változtatta.