Báthori István 1579-ben behozza a jezsuitákat, akik 1581-ben megkapják a kolozsmonostori apátság romos épületeit és a Farkas utcai ferences kolostort. A jezsuiták főiskolát szerveznek. A fejedelemség alatt működésük megszakításokkal szünetel, és csak 1693-ban térhetnek vissza. 1724-ben építik templomukat és kolostorukat, újra vezethetik iskoláikat. A templom értékei közül kiemelkedik a füzesmikolai csodás Madonna.
A rend feloszlatása után (1773), Mária Terézia a piarista atyáknak adja a templomot és az iskolát 1776-ban. Főgimnáziumukat egészen 1948-ig vezetik, amikor államosítja a kommunista rendszer. Ezzel együtt államosítják a Szent József-diákotthont is.
Az 1929. évi konkordátum kiegészítésére készült Egyezmény (Akkord) meghagyja, hogy vasárnaponként a görög-katolikus egyetemisták részére egy szentmisét biztosítsanak, amelyre a görög-katolikus papot a görög-katolikus egyház jelőli ki.
A piarista templom egyben az egyetemi lelkészség temploma és székhelye is.