A középkorban az Ágoston-rendnek temploma és kolostora állt a Margit-híd budai hídfôje közelében, mely a török idôkben teljesen elpusztult. Buda felszabadulása után a rend visszatelepedett erre a helyre, és a mai templom telkén 1707-ben kápolnát emelt Szent lstván elsô vértanú tiszteletére. A kápolna hamarosan kicsinek bizonyult, 1753-ban megkezdték a ma is álló templom építését. Tervezôje Nepauer Máté budai építész. Csak 1770-re készült el a templom, ekkor szentelte fel Zbiskó Károly bosnyák ferences püspök, Szent István elsô vértanú és Szent István elsô magyar király tiszteletére. A díszítô munkák még egy évtizedig folytatódtak.
1785-ben II. József feloszlatta a budai Ágoston-rendi kolostort; a templomot és a rendházat a vízivárosi ferencesek kapták meg, akik Fô utcai otthonukat átadták az Erzsébet apácáknak. Amennyire csak lehetett, hûek maradtak elôdeik elgondolásához, és a templomban csak a legszükségesebb átalakítást végezték el. Az Ágoston-rendiek címere ma is látható a kolostor kapuja felett. 1835–36-ban a rendházat új konventszárnnyal bôvítették. 1903-ban a templom boltozatain veszélyes repedések mutatkoztak, ezért új rabic-mennyezet készült. Ekkor semmisült meg a szentély barokk falfestménye. A restaurálás során, 1906-ban kicserélték az eredeti fôoltárt a tiroli Stuflesser-féle felépítménnyel. 1904–1927 között különféle falfestmények kerültek a szentélybe, új, színes üvegablakok díszítették a templomot. A II. világháborúban a templom súlyosan károsodott. A fôhomlokzat és a tetôszerkezet megrongálódott, súlyosan sérültek a boltozatok és a toronysisak. Az üvegablakok betörtek, a fôoltárkép és a Mária kegykép elpusztult. A templom belsejét és boltozatait 1947-ben helyreállították, homlokzatának restaurálása 1951-ben történt. 1993-ban a templom belsejét felújították: a szentély padozatát megemelték és márványburkolattal látták el. Az új liturgikus tér kialakítása Cságoly Ferenc nevéhez fûzôdik. Az új szembemisézô oltár elôtt a Golgotára emlékeztetô sziklatömb áll, a csúcsán emelkedô feszületet id. Madarassy Walter készítette. A tiroli fôoltár restaurálását ifj. Madarassy Walter végezte. A belsô festés Uladár Ágnes tervei szerint készült.
A templom egyhajós barokk templom, hozzácsatlakozó barokk, illetve klasszicista kolostorszárnyakkal. A kéttornyos fôhomlokzatot erôs horizontális tagolást adó párkányok osztják fôldszintre és két emeletsorra, mely fölött a középrész háromszögû timpanonnal zárul. A még egy emelettel magasabbra emelkedô tornyokat gúlasisak fedi. A fôhomlokzat hatalmas lant alakú kórusablaka felett a ferencesek stukkó-címere látható. A fülkékben Szûz Mária a gyermek Jézussal, Szent Ágoston és Szent Mónika szobra áll, a timpanonon Istenszem dombormû. A fôhomlokzat szobrászati díszei valószínûleg Weber J. Lénárt mûvei. Belsô tere a két torony által közrefogott elôcsarnokból, háromszakaszos hajóból és valamivel keskenyebb, íves záródású szentélybôl áll. A fôoltár keretarchitektúrája teljesen kitölti a szentély hátsó falát. Párkányán a Szentháromság barokk szoborcsoportja látható. A fôoltár 1770-re készült el, szobordíszeivel együtt Bebó Károly és Jäger János Henrik mûve. A barokk menzán elhelyezett neobarokk tabernákulum és felépítménye a tiroli Stuflesser mûhelybôl való. Két dombormûve az áldoztató Borromei Szent Károlyt, illetve a magyar koronát felajánló Szent Istvánt ábrázolja. 1906-ban cserélték ki, az eredeti tabernákulum – díszei nélkül – a Szent Ferenc oltárra került. Az oszlopok mellett kétoldalt Marchiai Szent Jakab és Kapisztrán Szent János szobra áll, a Stuflesser mûhelyben készültek. (Az eredeti oltáron ezen a helyen Szent Erzsébet és Szent Kajetán szobra volt látható.) A tabernákulum felett két lebegô angyal tartja az 1944-ben elpusztult barokk kegykép másolatát; melyet Márton Lajos festett. Az oltárkép Szent Istvan elsô vértanú megkövezesét ábrázolja, szintén Márton Lajos mûve 1946-ból.
A szentély bal oldalán nyílik a sekrestyeajtó, felette látható az oratóriumablak, mely a szemközti falon vak motívumként megismétlôdik. A templomhajót pillérkötegeken nyugvó széles hevederek osztják három mezôre. A keskenyebb szentélyhez az átmenetet homorú diadalív alkotja. A pillérek közti beugrókban 1-1 mellékoltár nyert elhelyezést, melyek architektúrája Nepauer Mátétól származik, szobrászati díszítése Weber J. Lénárt mûve. A Szent Erzsébet oltárkép a betegeket ápoló Szent Erzsébet csodáját ábrázolja, Kontuly Béla festette. Az oltáron Szent Rita és Szent Vilmos szobra áll, Bebo Károly alkotásai. Páduai Szent Antal fából faragott szobra Metky Ödön alkotása 1956-ból. A Szent Ferenc mellékoltáron a rendalapító grecciói karácsonyi csodájában gyönyörködhetünk, Kontuly Béla mûve. A képet Szent Lajos király és Árpád-házi Szent Erzsébet szobra fogja közre, a Stuflesser mûhelyben készültek. Ezen az oltáron áll az 1906-ban lebontott oltár tabernákuluma. A Szent József oltár képe Istokovics Kálmán mûve 1952-bôl. Szent József halálát ábrázolja. Kétoldalt Nepomuki Szent János és Páduai Szent Antal szobra valószínûleg Bebó Károly, a középen látható Lisieux-i Szent Teréz szobor Boldogfai Farkas Sándor alkotása. A szomorúakat vigasztaló Szûz Mária oltárkép Maulbertsch mûhelyében készült, valószínûleg Felix Ivo Leicher mûve. Stuflesser mûhelyébôl való Avilai Szent Teréz és Szent Bonaventura szobra. A Szent Ágoston oltár két oldalán Mária és János szobra áll, Weber J. Lénárt alkotása, középen a Stuflesser-féle Pietával. A Szent Miklós püspököt ábrázoló festmény valószínûleg Maulbertsch mûve, vagy legalább az ô közvetlen közremûködésével készült. A predellán lévô Szent Júdás Tádé képet Márton Lajos festette 1948-ban. A kétoldalt álló Szent Flórián és Szent Donát szobor az oltárépítés idejébôl származik. A szószék az ágoston-rendiek idejébôl való. A hangvetô baldachinja tetején Szent Vendel látható juhaival, az ajtón Szent Ágoston prédikálásának reliefje. A mellvéd három dombormûve: Szent Ágoston az apácáknak regulát ad, a Confessionest (Vallomásokat) írja, Szent Ágoston a tenger vizét merítô gyermekkel. A keresztelôkút copf munka az 1800 körüli idôkbôl. Az elpusztított ablakok helyébe új üvegfestésû ablakok készültek, egységes program szerint Szent Ferenc életébôl vett jelenetekkel Kontulyné, Fuchs Hajnalka tervei szerint. A templom az 1997. évi LIV. törvény alapján 15 193. törzsszám alatt, a plébánia 15 194. törzsszám alatt II. kategóriába sorolt műemlék.
Anyakönyvek: 1729-tôl.
